中心項目四處承擔環境保護部交辦的《生物多樣性公約》、《卡塔赫納生物安全議定書》、《生物多樣性公約關于獲取遺傳資源以及公正和公平地分享其利用所產生惠益的名古屋議定書》及《卡塔赫納生物安全議定書關于賠償責任和補救的名古屋-吉隆坡補充議定書》的履約日常事務性工作。2011年2月,生態司發函進一步明確了對外合作中心在《生物多樣性公約》履約工作中的定位。按生態司要求,將承擔履行《生物多樣性公約》日常事務性工作,包括:編輯和印發《生物多樣性保護及中國履行<生物多樣性公約>簡報》;受生態司委托準備履約談判對案初稿;生物多樣性和生物安全2個信息交換所網站的日常維護;生物多樣性保護宣傳,重點是每年5.22國際生物多樣性日宣傳;國際履約前言信息跟蹤,重點關注公約秘書處的最新動態;《生物多樣性公約》締約方大會決議研究及任務分解建議及生態司委托的其他相關事項。
負責組織實施生物多樣性保護、生物多樣性可持續利用、生物遺傳資源獲取和惠益分享、生物安全管理、生物多樣性與氣候變化、農村環境保護等領域的全球環境基金(GEF)及有關雙邊、多邊、履約和國際合作項目的開發、實施、管理;為環境保護部生態保護和生物多樣性管理提供有關政策、技術及項目支持。